owncloudのクライアントアプリケーションは、ubuntuのCUI環境でも動くの？

いいえ、ownCloudのクライアントアプリケーションは、通常GUI（グラフィカルユーザーインターフェース）環境で動作するように設計されています。CUI（キャラクタユーザーインターフェース）環境では、コマンドラインツールを使うことでファイル同期などの操作が可能です。

参考:

CUIブラウザLynxのインストールから使い方まで完全ガイド …

ownCloudでメンテナンスモードのOff / On の切り替え方 | ex1-lab

ownCloud | ex1-lab

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