はい、Nextcloudのクライアントアプリケーションは、UbuntuのCUI環境でも動作します。 nextcloudcmd というコマンドラインツールを利用することで、CUI環境からNextcloudとのファイル同期が可能です。
参考:
Ubuntu 22.04でSnapを使ってNextcloudをインストールする方法
Download and install Nextcloud
Nextcloud完全ガイド 導入からカスタマイズまでファイル管理を効率化する方法 – ITとPCに関連する用語の解説
[Alma Linux 9 / Nextcloud Client] Linuxで CUI Nextcloud のクライアントを採用する
Ubuntu 24.04.1 と Nextcloud | 自鯖 – jisaba.life
Nextcloud環境構築に必要なミドルウェアの紹介 | Nextcloud日本公式サイト
ubuntu 24.04 LTSで自宅サーバー構築（NextCloudの設定） #Linux – Qiita